通常在复发风险分类中，属于高复发风险的病人，应是最需要接受术后辅助靶向治疗的对象。值得注意的是，这些复发风险分类都是用来预测原来可切除胃肠道基质瘤术后的复发风险，不应该用在转移性、复发型或进展性的胃肠道基质瘤术后复发的预测，也不可用在手术前已先接受过靶向药物治疗过再切除肿瘤的复发状况预测。
目前临床试验对术后辅助靶向治疗，运用在胃肠道基质瘤切除后的证据到目前为止，最重要的有2个大型第3期临床试验：第一个是在2009年发表在Lancet的 Z9001的随机双盲多中心第三期的临床试验，第二个重要的临床试验是SSGXVIII/AIO试验。试验结果也发现，开始吃辅助靶向的第5年，追踪存活率(OS)，三年辅助治疗组明显优于一年辅助治疗组(OS 92% vs. 81.7%)，而且使用靶向药物的副作用，大部分都属于轻微的程度。常见的副作用如：贫血、眼眶周围水肿、LDH上升、疲倦感、恶心、拉肚子等。
术后辅助靶向治疗，到底使用多久才对病人有最大的帮助，仍有争议，但至少到目前有的证据是建议原发高复发风险的胃肠道基质瘤手术切除后，应至少接受3年的伊马替尼 400mg/日的术后辅助靶向治疗。至于术后吃5年的辅助靶向治疗则期待PERSIST-5试验的结果。总之，在靶向药物的治疗下，原发高复发风险的胃肠道基质瘤接受3年的辅助靶向治疗下，可有效延长复发时间(RFS)、延长总存活时间(OS)。
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