25%~30%的ER阳性转移性乳腺癌患者存在ER相关基因的激活突变，可指导ER阳性乳腺癌治疗的相关基因包括 ESR1突变、HER2突变、PIK3CA突变等。ESR1突变是目前明确与内分泌治疗耐药有关的基因，经内分泌治疗后的患者ESR1基因突变发生率增加，ESR1突变可导致ER阳性乳腺癌细胞发生上皮间质转化(EMT)、转移，提示内分泌治疗的耐药与之有关。
有研究者对168例已经明确内分泌耐药的患者进行全外显基因检测发现HER2的突变；对治疗前后进行检测对比发现HER2突变仅出现在治疗后，提示HER2突变是内分泌治疗带来的获得性突变。因此，HER2获得性突变可能也是内分泌治疗的耐药机制之一，有细胞系和临床研究证实可通过来那替尼等TKI药物克服HER2突变所引起的耐药。
PI3KCA突变也可以造成内分泌治疗耐药，SOLAR-1研究提示对PI3KCA突变的患者alpelisib+氟维司群明显优于安慰剂+氟维司群，中位PFS延长近5个月，提示PI3KCA突变可以成为内分泌治疗新靶点。此外，METABRIC研究显示：ER阳性乳腺癌患者的NF1移码无义突变(FS/NS)预后差，HER2突变和NF1移码无义突变(FS/NS)增加内分泌治疗耐药风险。这些研究的结果在一定程度上解释了内分泌治疗耐药的原因，为内分泌耐药后的策略提供新的依据。
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