为了确定劳拉替尼耐药的临床机制，我们对20例使用劳拉替尼复发的ALK阳性肺癌患者进行了耐药肿瘤的重复活检。这些患者可能对劳拉替尼有原发性（或内在）耐药性，或者在对劳拉替尼产生初始反应后产生耐药性（即获得性耐药性）。20例患者中有19例接受了两种或两种以上的ALK抑制剂，包括克唑替尼和至少一种第二代ALK抑制剂;其余患者接受了第二代ALK抑制剂布加替尼治疗。在20例病例中，11例为劳拉替尼前后配对标本。在劳拉替尼之前获得ALK抑制剂的劳拉替尼前标本，而在劳拉替尼复发时获得劳拉替尼后标本。
所有劳拉替尼耐药标本均使用MGH SNaPshot二代测序（NGS）测定或FoundationOne平台。所有样本均显示NSCLC组织学，没有小细胞转化的证据。对劳拉替尼具有原发性耐药的八名患者中有七名（88%）在ALK酪氨酸激酶结构域内没有可检测到的突变。在与劳拉替尼前标本配对的四名患者中，没有一例携带ALK耐药突变，表明存在ALK非依赖性耐药机制。相比之下，在12例对劳拉替尼获得性耐药的患者中，6例（50%）出现复合ALK耐药突变，其中4例具有双重ALK突变，2例具有三重ALK突变。在四个配对的劳拉替尼前和劳拉替尼后标本病例中，劳拉替尼前标本在劳拉替尼后复方突变标本中存在单或双ALK耐药突变，表明在劳拉替尼治疗期间ALK耐药突变的逐步积累。有趣的是，在两名获得性耐药患者中，他们的劳拉替尼前肿瘤携带劳拉替尼敏感的ALK耐药突变I1171N和G1202R，随后“丢失”或不再检测到劳拉替尼后。
在劳拉替尼耐药标本中还检测到多种同时发生的突变，最常见的是20例病例中有10例.在缺乏ALK突变的样品中发现的共存突变中，有几个是ALK独立耐药的潜在驱动因素，包括MGH098中的MAP3K1突变和MGH9107中的激活NRASG12D突变。
在一名患者（MGH065）中，我们在劳拉替尼复发时发现了单个ALK耐药突变 -ALKG1269A。在该患者的劳拉替尼前样本中发现了另一种ALK突变 -ALKL1196M。阿尔克在生化和细胞研究中，预计G1269A对劳拉替尼敏感，这增加了在G1269A突变克隆中发展出驱动ALK非依赖性生长的脱靶耐药机制的可能性。为了验证这一假设，我们从劳拉替尼耐药活检标本（MGH065-3H）中建立了细胞系。该细胞系在细胞生长测定中对克唑替尼、色瑞替尼和劳拉替尼耐药。基于免疫印迹实验，ALK磷酸化被色瑞替尼和劳拉替尼有效抑制，与ALK非依赖性耐药机制一致。
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