服用吡非尼酮的常见不良反应有肝酶升高、光敏性反应或皮疹和胃肠道疾病。因为临床试验是在广泛不同情况下进行的，临床试验观察到不良反应率不能与另一种药临床试验发生率直接比较而且可能不反映实践中观察到的发生率。在临床试验中在多于1400例受试者中曾评价吡非尼酮的安全性有超过170例受试者暴露于吡非尼酮共5年以上。
在3项随机化，双盲，安慰剂-对照试验(研究1，2,和3)研究 吡非尼酮其中总共623例患者接受2403 mg/day 吡非尼酮和624例患者接受安慰剂。受试者年龄范围从40至80岁(均数年龄67岁)。大多数患者是男性(74%)和高加索人(95%)。在这些3项试验中对吡非尼酮暴露均数时间是62周(范围：2至118周)。在推荐剂量2403 mg/day，用吡非尼酮患者14.6%与之比较用安慰剂9.6%因为一种不良事件永久地终止治疗。最常见(>1%)不良反应导致终止为皮疹和恶心。最常见(>3%)不良反应导致剂量减低或中断是皮疹，恶心，腹泻，和光敏性反应。
吡非尼酮治疗患者不良反应发生≥5至<10%和比安慰剂更常见是光敏性反应(9%相比1%)，食欲减退(8%相比3%)，瘙痒(8%相比5%)，无力(6%相比4%)，味觉障碍(6%相比2%)，和非-心胸痛(5%相比4%)。除了从临床试验鉴定的不良反应在批准后使用吡非尼酮期间曾鉴定以下不良反应。因为这些反应是从大小不确定的人群自愿报告，并不是总能可靠估算它们的频数。（1）血液和淋巴系统疾病 （粒细胞缺乏）；（2）免疫系统疾病 （血管水肿）；（3）肝胆疾病 （随ALT和AST增加组合胆红素增加）。
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