对于医生来说，胃肠道间质瘤的治疗是一件棘手的事情，原因是早期难发现，而且放化疗几乎无效，即使可以通过手术切除了肿瘤的患者，也有一半的人会在两年后复发。由于胃肠道间质瘤对常规放化疗均不敏感，根治性手术依然是原发性胃肠道间质瘤的首选方法。然而，即使接受了根治性手术，患者仍有很高的复发率。首次手术切除肿瘤后，在两年中间有一半的患者会出现胃肠道间质瘤复发的情况，且多数复发肿瘤切除后均会再次复发。
多年来胃肠道间质瘤的术后复发问题一直困扰着医学界，但是《柳叶刀》的报告却显示，目前在首次手术切除肿瘤后使用靶向药物治疗，可以延迟甚至避免患者出现癌症复发的情况。该III期临床研究是由美国外科医师协会肿瘤学研究组(ACOSOG)实施的，检查了700多名GIST患者的术后、辅助治疗情况。
研究人员发现，在每天使用一次400毫克甲磺酸伊马替尼类靶向药物的患者中，98%的患者在术后一年内无复发，而且能将晚期患者的平均生存时间由19个月延长到54个月，3倍延长了患者的生存时间。与此同时，除了要重视胃肠道间质瘤术后的预防复发治疗外，对于一些体积巨大的胃肠道间质瘤，不能贸然手术，否则很可能会导致肿瘤破裂，肿瘤细胞在腹腔内到处种植、转移。正确的做法应该是先使用靶向药物遏制肿瘤，然后再通过手术切除。
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