胆汁酸在维持肠道菌群平衡中发挥非常重要的作用。最近研究显示阻止胆汁酸排向肠道或沉默胆汁酸受体——法尼醇受体（FXR）可促进小肠细菌的过度生长、肠壁通透性增加、肠道细菌易位；而给予奥贝胆酸（obetix，FXR的激动剂）处理，可以上调抗菌蛋白血管生成素1 、 α-5 防御素、ZO-1及咬合蛋白的表达，改善肠道菌群构成和肠黏膜屏障、减少细菌易位。
此外，奥贝胆酸还可以使肠道菌群向厚壁菌门转变（ Firmicutes 包括 Lactobacillus）, 而使变形杆菌（Proteobacteria 如 E. coli 及Shigella）的比例减少，同时改善全身及局部炎症、改善肝纤维化。通过调整FXR是否对酒精性肝损伤有治疗作用，还有待进一步研究。
酒精性肝病是严重危害人类健康的疾病。越来越多的研究提示酒精性肝病时，肠道微生态失衡包括肠道菌群构成改变、肠道黏膜屏障功能破坏、细菌易位及肠源性内毒素血症从多个环节触发或加重肝脏炎症，在酒精性肝病的发生、发展中发挥重要作用。
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