骨髓移植是一种直接有效的白血病治疗方式，但并不表明骨髓移植成功之后就可以高枕无忧了，在慢性粒细胞白血病慢性期，约80%的病人可存活3年以上，部分已存活5～6年以上，但仍有部分患者骨髓移植后短期内复发或产生严重的排他反应而死亡。所以骨髓移植并不是完全之策，那么白血病骨髓移植具有哪些缺点呢？
一、骨髓移植摧毁了生命免疫力。骨髓移植的最大弊端是在移植过程中，摧毁了生命的免疫力和自力生存的功能，使它无能发挥「排异」作用，使得移植得以成功。但是，免疫力是生命赖以自卫生存的重要因素，赖以发育成长的基本支柱，免疫力被摧毁，使得身体无法抵抗疾病，难以长期生存。
二、配型困难，成功率低。骨髓移植有一个很大的缺陷，适用于非常小的骨髓移植，因为很难找到白细胞抗原骨髓供应商同类型（HLA）。据统计，十万人中约有二人能配型成功。而且即使找到配型相同之人，也常因顾虑抽髓后对身体造成损害而不愿供应。即便幸运地成功配型进行了骨髓移植，临床上成功的几率也较低，有的虽然移植成功，但不久又复发无救。三、副作用大。骨髓移植后，免疫力被摧毁，使得患者身体机能极度减退，早衰、极易患病。
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