伊布替尼治疗套细胞淋巴瘤（MCL）虽然也存在副作用，但是患者对伊布替尼的耐受性良好，副反应和毒性远远弱于化疗。大多数毒副反应轻微、可控。伊布替尼主要副反应包括治疗早期出现轻度的腹泻、疲劳、皮疹、肌肉酸痛和关节疼痛等症状，这些症状通常在治疗后几周会有所减轻，患者可通过补液避免脱水来减轻肌肉酸痛的程度。仅有很少数患者会有房颤的风险。此外，由于伊布替尼对血小板的作用（与阿司匹林类似），会有一定的出血风险。
开始治疗之前，要与患者充分沟通治疗期间可能出现的副反应。如果患者提前充分了解了可能出现的副反应，那么患者配合治疗就会容易很多。另外一个需要与患者沟通的要点是，患者当地的诊治医生可能会对副反应的发生反应过度，因为当地医生对相关情况未必充分了解。因此，需要提前与患者沟通，让患者知晓这些副反应是正常的。
当患者出现腹泻症状时，患者可以继续用药，几周后将自行好转。部分患者会出现皮疹、瘀斑及出血。约半数的患者会出现瘀斑或出血，但症状均轻微。若接受外科手术，则术前一定要停用伊布替尼（与术前停用阿司匹林同理）。对于已有出血倾向的患者，可以采用血小板输注，出血会立即停止。应避免同时使用多种有抗血小板作用机制的药物，因而不建议伊布替尼与阿司匹林同用，避免增加出血的风险。伊布替尼和抗凝药物是可以同期使用的，心脏科医生临床上也会同时处方抗血小板药和新型口服抗凝药（NOAC）。
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