尽管CAR-T细胞治疗目前展现出了良好的治疗效果，但是作为一种新兴疗法，并且是人类首款上市的癌症基因疗法，它的副作用也是不可忽视的。目前CAR-T细胞治疗的副作用主要是细胞因子风暴，如何减少并解决CAR-T副作用的情况是各大医药公司需要注意的。
2016年7月，Juno公司的JCAR015就因在治疗20多位难治性复发性急性白血病成人患者的Ⅱ期临床试验中出现了3例患者脑水肿而死亡的事件被FDA叫停，Kite家的KTE-C19去年4月底也出现了1例患者死亡，这些都使公众开始担心CAR-T细胞疗法的安全性。这些患者之所以会死亡原因一部分就是-细胞因子风暴（多种细胞因子迅速大量产生的现象）引起的，严重细胞因子风暴的发生率为25%-53%，它会使患者出现高热、流感症状，艾米丽当时就经历了这一严重副作用！
而脑病的发生率为25%-47%，它会造成患者抽搐、不会说话，并出现暂时的意识混乱。B细胞发育不全的发生率为100%，能造成患者反复出现感染。虽然CAR-T疗法副作用发生如此频繁，但是对细胞因子风暴目前已有相应的治疗措施，但是对后两个副作用目前还没有更好的提前预测以及应对的办法。CAR-T细胞疗法其它相关的不良反应还有乏力、恶心、肌肉酸痛、低氧血症、低血压、谵妄、肾功能衰竭等。如何改善嵌合抗原受体（CAR）的每一个组件来逐步减少或消除这些副作用也是目前各家公司研究的方向。可以说，CAR-T疗效与危险并存，改造任重道远。
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