CAR-T细胞免疫疗法在血液肿瘤的出血表现，使人们看到了这一新兴的疗法在癌症治疗领域的前景。CAR-T疗法在多个血液肿瘤的治疗中都表现出了区别于传统疗法的良好治疗效果，但CAR-T细胞免疫疗法最被人诟病的一点就是，目前CAR-T细胞免疫疗法副作用比较普遍，常常会引起细胞因子风暴。
尽管患者出现的副作用类型和严重程度因人而异，但是在治疗后的几周内都会有严重的并发症的风险。通常来说，这些并发症是暂时的，会自己消退或者得到治疗。可能的副作用包括细胞因子释放综合征，是一种有着像流感那样症状（发高烧/打冷颤）的炎症，但也可能包括低血压和呼吸困难以及其他器官功能障碍，还有神经系统方面的问题，比如意识糊涂，难以理解语言讲话，或者昏迷。
患者出院以后，接下来的几个月他们都需要进行定期随访，以评估副作用和对于治疗的反应。在这个期间，患者有可能会出现副作用而再次住院，不过这种情况很少见。
对于患者接受CAR-T治疗反应程度的评估，根据所治疗的癌症的类型有所区别。B细胞急性淋巴细胞白血病患者需要在CAR T细胞输注后一个月做骨髓活检。B细胞非霍奇金淋巴瘤患者在治疗后一个月要做PET扫描。在之后的几年里，患者每1-3个月都需要去看他们的医生，在这段时间里，要通过血液检测，体格检查，骨髓活检和PET或CT扫描来监测患者的疾病复发情况。因为每一个患者都不一样，患者需要和医生来讨论治疗中的每一个方面，并提出可能会有的任何担忧。
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