外科手术治疗肾癌通常是首选治疗方法，也是目前被公认可治愈肾癌的手段。对早期肾癌患者可采用保留肾单位手术（保留肾脏的手术）或根治性肾切除术。这些手术可以采用腹腔镜手术或传统的开放性手术进行。对中、期肾癌患者通常采用根治性肾切除术，这类手术通常采用开放性手术进行。晚期肾癌应采用以内科治疗为主的综合治疗。外科手术切除患侧肾脏可以起到明确肾癌的类型和减少肿瘤负荷的作用，可以提高免疫治疗（如干扰素-α）或靶向治疗的有效率。根据临床试验，靶向药物舒尼替尼(索坦)单独使用与某些晚期肾癌患者的手术联合使用同样有效。这意味着一些肾癌已经扩散的人将来可能会避免进行手术切除受影响的器官。
仅接受靶向药物的患者的平均生存时间与接受药物并切除肾脏的患者一样好。避免这些患者的手术意味着他们可以避免手术带来的副作用，这与恢复时间相结合也可以延迟进一步的治疗。第三阶段的CARMENA试验涉及450名肾癌患者，这些患者已经扩散到身体的其他部位。一半人单独服用舒尼替尼，另一半人在手术切除受影响的肾脏后服用同样的舒尼替尼。
研究人员发现，单靠舒尼替尼就可以和手术与药物的结合效果一样。单独服用舒尼替尼的患者在接受治疗后平均存活18个月，而接受手术加舒尼替尼的患者平均存活14个月。这项研究的目的并不是为了发现单纯的药物治疗是否比手术治疗更好。这些发现并不适用于那些肾癌不太严重的人，而手术仍然是最好的治疗方法。
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