对胃肠道间质瘤患者来说，印度格列卫耐药一般发生在治疗2年后，耐药主要与KIT基因的继发性突变相关，而这其中存在KIT外显子11原发突变的GIST发生继发突变最常见。Agaram等描述了1例格列卫耐药的GIST患者，其除了PDGFRA外显子18原发突变外，还存在BRAF基因V600E突变。
因此，BRAF基因V600E的继发突变可能代表了格列卫耐药的另外一种机制。然而，在本例格列卫耐药的GIST患者中，除了KIT基因V559D的原发突变，并未发现KIT、PDGFRA、KRAS和BRAF基因的继发突变。可能的解释是，预先存在的肿瘤亚克隆在格列卫治疗过程中被筛选出来的结果，与继发突变并无关联。
在格列卫治疗后GIST细胞向平滑肌表型转化曾在既往的研究中有过报道。有趣的是，基础实验研究也表明，阻断KIT信号传导可引起Cajal间质细胞向平滑肌细胞分化。事实上，尽管致癌基因KIT的激活在GIST的发病中起着主要作用，但是其他复杂的细胞内信号传导也可能被癌基因KIT触发。
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