同其他靶向药物一样，卡博替尼(Cometriq)同样具有副作用，卡博替尼常见副作用有：腹泻腹痛、恶心呕吐、身体疲乏、食欲降低及由此导致的体重减轻。另外、口腔炎、便秘、以及由高血压或低血压所导致的昏厥也是常见副作用。部分患者还会伴有低钠血症、低磷血症、胸膜积液以及ALT升高和掌足红肿综合征等。卡博替尼常见副作用，一般（非必然）不带有致命性，但若用药后长久不消，需咨询医师予以应对。但是当服用卡博替尼时出现以下严重副作用，则需要终止使用卡博替尼。
1、肠胃穿孔和瘘管。主治医师会定期检测患者是否有此类病症形成症状，如若发生，终止使用卡博替尼。2、严重甚至致命性出血。上消化道出血：禁食、止酸、保护胃粘膜、必要时用奥曲肽。下消化道出血：予以止血，对症治疗。发生严重出血事件时终止用药。3、血栓事件。视个体情况、评估血栓病发率，遵医嘱用药予以预防。若有急性心肌梗死或其他方面的动脉血栓栓塞并发症指征，终止服用卡博替尼，并予以相应治疗。
4、高血压。定期测血压，出现控制不佳的血压升高，暂停使用卡博替尼至血压得以控制时、再降低剂量恢复用药，若发生出血无法控制的严重高血压时终止用药。5、下颌骨坏死。养成良好的口腔卫生习惯，定期进行口腔检查，进行有创伤牙科手术前，停用卡博替尼28天。发生下颌骨坏死时终止使用卡博替尼。6、蛋白尿。患者用药期间定期检测蛋白尿，若发生肾病综合征，终止用药。7、可逆性后部白质脑病综合征。发生概率低，如若发生、终止用药。
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