胃肠道间质瘤其临床表现多样，其大小也存在较大差异。因其非特异的临床表现，给胃肠道间质瘤的诊断带来困难。所以早期发现间质瘤，早期干预治疗显得尤其重要。胃肠道间质瘤治疗由许多方法，其中手术治疗和靶向药物伊马替尼(格列卫)治疗是患者间质瘤首选治疗方案。如果瘤体较小且向黏膜面突出明显者，可内镜下行肿瘤剥除术，创伤较小，但存在穿孔风险。一旦发生穿孔，需要手术干预修补。
手术切除是治疗间质瘤的首选方法。间质瘤的主要扩散途径是血行转移，较少发生淋巴结转移，因此术中一般无需淋巴结清扫。间质瘤的这些生物学特性使腹腔镜手术的微创优势得以充分体现。腹腔镜联合电子内镜切除间质瘤成为首选手术方式。内镜在腹腔镜手术中具有肿瘤定位及协助操作的重要作用。双镜联合手术安全性及术后恢复情况方面优于传统手术，具有创伤小、恢复快、住院时间短等优点。手术切除间质瘤之后联合伊马替尼治疗胃肠道间质瘤无疑是最好的治疗方案，治疗效果也是非常好的，手术后的疾病现存肿瘤体积的增大以及在接受伊马替尼治疗的病人病灶中出现结节性高密度影。
胃肠道间质瘤复发或者转移的病人的手术预后与肿瘤分期，肿瘤风险评估以及首次手术后无瘤生存的时间有关，DeMatteo等在200例术后复发的病人中研究表明：1、完整切除复发的转移灶的病人的中位生存率是54个月，而不完整切除转移灶或者是有残余伴随病灶的中位生存率下降到5个月。2、不能手术切除的先行伊马替尼治疗4-12个月，在达到药物最大疗效及早行手术治疗，手术后继续伊马替尼胃肠道间质瘤的药物治疗。手术联合靶向分子药物伊马替尼的综合治疗方法，明显的改善了胃肠道间质肿瘤患者的预后，这也是目前临床上最佳治疗胃肠道间质瘤的方案。
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