卡博替尼(Cabozantinib)也被称为“肿瘤的万金油”，表明了卡博替尼的用药范围十分广泛，但同时，卡博替尼副作用也有很多。经卡博替尼治疗，超过25%患者发生，且高于对照组5%的不良反应，按发生率下降排列如下：腹泻、口腔炎、手足皮肤综合征（PPES）、体重下降、食欲不振、恶心、乏力、口腔疼痛、头发变色、味觉障碍、高血压、腹痛、便秘。最常见的实验室指标异常（＞25%）包括：AST升高，ALT升高，淋巴细胞减少，ALP升高，低钙血症，中性粒细胞减少，血小板减少，低磷血症，高胆红素血症。
超过5%患者发生的3~4度不良反应和实验室指标异常，且与对照组相比高于2%，按发生率下降排列如下：腹泻，手足皮肤综合征（PPES），淋巴细胞减少，低血钙症，疲劳，高血压，乏力，ALT升高，体重下降，口腔炎，食欲不振。经卡博替尼治疗的患者有6%发生致死性不良反应，包括出血、肺炎、败血症、瘘管、心脏骤停以及具体不详的死亡。安慰剂组有5%患者发生致命性不良反应，包括败血症，肺炎和疾病进展。
与安慰剂组9%患者剂量下调相比，接受卡博替尼治疗的患者有79%剂量下调。与安慰剂患者没有用药延迟相比，接受卡博替尼治疗的患者用药延迟中位次数为1次。因不良反应而终止研究的患者，卡博替尼组16%，而安慰剂组为8%。导致永久停用卡博替尼治疗最常见不良反应是：低钙血症，脂肪酶升高，手足皮肤反应（PPES），腹泻，疲劳，高血压，恶心，胰腺炎，形成气管瘘和呕吐。在不考虑基线数值高低的情况下，经卡博替尼治疗的患者首次用药后，57%患者检测到促甲状腺激素（TSH）水平升高，而服用安慰剂患者只有19%。卡博替尼组有92%的患者先前接受过甲状腺切除术，卡博替尼治疗前有89%的患者正在进行甲状腺激素替代治疗。
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