接受ACT治疗后，T细胞活化会产生免疫刺激和炎症反应。目前，靶向CD19、BCMA和CD22的CAR-T细胞疗法都出现过严重的细胞因子释放综合征(CRS)，比用TIL和TCR治疗出现的流感样综合征更加严重。CAR-T细胞疗法带来的CRS与肿瘤负荷相关。
此外，靶向CD19和BCMA的CAR-T细胞曾报道过意外神经系统并发症。其中CD19CAR-T细胞疗法产生的神经毒性大部分可逆，但目前还不清楚脑水肿是CRS引起的还是另外有作用机制。目前，研究人员对于T细胞免疫疗法导致的CRS和脑水肿的机制仍不清楚。
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