阿法替尼治疗HER2突变的非小细胞肺癌患者，在获批的适应症之外，阿法替尼另一个用法在NCCN指南中被建议使用。即针对它抑制HER2靶点的机理将其用于HER2突变肺癌的治疗。在一项混合试验中，将16例HER2突变的患者，进行了抗HER2的药物治疗，包含赫赛汀、阿帕替尼以及阿法替尼等。整体ORR为50%，DCR82%，PFS5.1个月。其中曲妥珠为基础的治疗DCR93%，3例接受阿法替尼患者均出现疾病控制。其他的HER2靶向药物无疗效。
因此，在2017年的NCCN指南中，对于HER2突变肺癌患者仍然推荐使用阿法替尼。当然2018ASCO中T-DM1姣好的数据结果已经促使近期的NCCN推荐变为T-DM1。但毕竟T-DM1很难买到，阿法替尼仍然是HER2突变患者的治疗选择之一。
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