洛匹那韦和利托那韦均是细胞色素P450异构体CYP3A的体外抑制剂，与主要通过CYP3A进行代谢的药物联合应用可能增加这些药物的血药浓度，进而导致药物作用时间延长和不良反应的发生增加，需重点关注：
不推荐合用的药物：秋水仙碱、沙美特罗（心血管事件风险增加）。合用需密切监测不良反应：芬太尼（尤其是呼吸抑制和镇静）、大多数酪氨酸激酶抑制剂（达沙替尼、尼洛替尼）（监测耐受性）、长春碱类（监测耐受性）、利伐沙班（增加出血的风险）、酮康唑和伊曲康唑（不建议使用高剂量（>200mg/天））、肠外咪达唑仑（呼吸抑制和/或镇静）、钙通道阻滞剂（非洛地平、硝苯地平、尼卡地平）、氟替卡松丙酸酯或布地奈德（减少剂量或更换为非CYP3A4底物的倍氯米松）、阿托伐他汀（使用最低剂量，或换用氟伐他汀或普伐他汀）、马拉韦罗（降低剂量）。
洛匹那韦/利托那韦(Ritonavir)合用需监测血药浓度：卡马西平、苯巴比妥、环孢素、西罗莫司（雷帕霉素）和他克莫司。合用需调整剂量的药物：克拉霉素（肾功能不全的患者（CrCL<30ml/min））。
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