对于标准化疗进展后的晚期软组织肉瘤患者，安罗替尼是新的治疗选择。根据一项ⅡB期研究，安罗替尼可以延长病人的无进展生存时间。在临床试验中，瑞戈非尼对除脂肪肉瘤外的晚期软组织肉瘤二线治疗取得了一定的治疗效果。
除上述小分子靶向药物外，还有一些小分子靶向药物治疗某些特定亚型的软组织肉瘤，如：伊马替尼治疗隆突性皮肤纤维肉瘤疗效较好；ALK抑制剂克唑替尼对ALK易位的炎性肌纤维母细胞瘤具有治疗效果；帕博西尼用于治疗CDK4基因扩增的高分化/去分化脂肪肉瘤患者；mTOR抑制剂依维莫司和西罗莫司用于恶性血管周上皮样细胞瘤的治疗等。
2016年美国临床肿瘤学会（ASCO）年会报告了SARC 028研究结果，为软组织肉瘤免疫治疗注入了新希望，Pembrolizumab的总体有效率为18%，抗PD-1抗体治疗有效的软组织肉瘤有：未分化多形性肉瘤、去分化脂肪肉瘤、腺泡状软组织肉瘤。
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