首先，目前在结直肠癌领域中进入临床应用的生物标志物并不多，其中最重要的是RAS基因突变， RAS基因突变有助于预测CRC患者对EGFR抑制剂（如西妥昔单抗等）治疗是否有效。值得庆幸的是，RAS基因突变一般发生在CRC的早期阶段，然后贯穿于整个肿瘤的全周期中，因此，肿瘤的异质性对于RAS基因突变而言其实并非很大的困扰。事实上，我们最需要注意的地方在于：在进行活检取标本时，务必尽可能多的获取到肿瘤细胞，因为某些检测手段（如焦磷酸测序）的敏感性本身就比较低，只有当所检测的标本中含有大量的肿瘤细胞，才能提高检测的准确性，降低假阴性率。另外，微卫星不稳定（MSI）作为另一个重要的生物标志物也并未受到肿瘤异质性的很大困扰，因为MSI亦可早期出现于CRC的浸润病灶中。
对于MSI的CRC患者而言，有时会存在某些继发的异质性。例如，对于hMSH2、hMSH6、hMLH1以及PMS2这些生物标志物通常是hMLH1和PMS2同时缺失，或hMSH6与hMSH2同时缺失，但偶尔可能出现hMLH1、PMS2及hMSH6三者缺失，甚至是全部的生物标志物缺失，这说明其相互间存在影响和继发性改变。
但总体而言，肿瘤的异质性对于生物标志物检测的困扰并不大，对假阴性最关键的影响因素是检测标本中是否含有足够多的肿瘤细胞。液体活检（liquid biopsy）的确是一项令人兴奋的检测手段。但是，液体活检在CRC领域也存在一些问题。 首先，在液体活检之前需要明确待检测的生物标志物，例如当采用KRAS12或KRAS13、BRAF基因突变作为检测的靶向性生物标志物时，通常可检出约41%的CRC患者。所以说，若液体活检能检测出某些具有价值的生物标志物，这无疑将显示出液体活检的优势，然而，找到找到这些有价值的生物标志物并不简单，有可能需要对大量的基因突变谱进行检测和筛查。因此，在液体活检时需要在生物标志物的数量及检测的敏感性之间作出权衡，这两者为“此长彼消“的关系。其次，若CRC患者的肿瘤细胞对于检测出的生物标志物为耐药性，则液体活检实际上并不能对CRC患者带来真正的生存获益，而仅仅是提早发现了复发或难治性CRC。
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