靶向治疗确实有一些缺点。主要包括：癌细胞有时候会对靶向药物产生抗药性。由于这个原因，靶向治疗在与其他靶向药物或其他癌症治疗方法（如化疗、放疗及免疫）联合使用时效果最好。针对某些目标的药物很难开发。比如RAS抑制剂。原因包括目标的结构，目标在单元中的功能，或者两者都有。
靶向治疗其实也会产生副作用的（只是副作用相较于化疗比较小而已）：可能产生的副作用取决于患者接受的靶向治疗的类型以及患者身体对治疗的反应。
常见的靶向治疗的副作用包括腹泻和肝病。其他的副作用可能包括凝血和伤口愈合的问题，高血压，疲劳，口腔溃疡，指甲改变，脱发和皮肤问题，皮肤问题可能包括皮疹或皮肤干燥。很少会有食道、胃、小肠、大肠、直肠或胆囊穿孔。有很多药物可以治疗这些副作用。这些药物可以防止副作用的发生，或者在副作用发生后进行治疗。靶向治疗的大部分副作用在治疗结束后消失。
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