大部分患者对格列卫都有很好的耐受性，但是使用时也经常会出现一些三级或者四级的毒副作用包括嗜中性白血球减少症和血小板减少症。最常见的严重毒副作用包括胃肠道紊乱、水肿、皮疹和肌肉骨骼的疼痛，但没有病人会因此而停药。小部分病人会出现低磷酸盐血症，和与此相连的骨变和矿物质代谢的变化。有试验声称，长期服用格列卫会导致充血性心力衰竭和心脏中毒。但是，MD安德森癌症中心声明，通过对1276名服用格列卫的病人情况的分析，由于长期服用格列卫引起充血性心力衰竭和心脏中毒的几率非常小。研究人员经过试验得出结论，慢粒病人由于服用格列卫而出现充血性心力衰竭的现象并不是普遍现象，其发病率和普通人充血性心力衰竭发病率相差无几。对有心脏病史的慢粒病人，需要严密监测。如果病人出现心脏病症状，应该积极治疗。如果病人在接受QT间歇延长治疗，考虑让病人做心电图。
血液学方面。三到四级嗜中性白血球减少症（ANC）：停药，直到ANC大于等于1500，然后从400毫克的剂量重新开始服用格列卫。如果ANC又小于1000，停药，直到ANC大于等于1500，然后从300毫克的剂量重新开始服用格列卫。如果血小板计数又小于50000/立方毫米，停药，直到血小板计数大于等于75000，然后从300毫克的剂量重新开始服用格列卫。加速期和急速期：病人可能会出现由于慢粒引起的血球减少症。如果血球减少症不是由慢粒引起的，把格列卫的剂量减少至400毫克。如果血球减少症持续两个星期，把剂量减少至300毫克。如果持续四个星期，停止服用格列卫，直到ANC大于等于1000/立方毫米且血小板计数大于等于20000每立方毫米，然后再从300毫克重新开始服用格列卫。对于顽固性嗜中性白血球减少症，可以用生长因子和格列卫联合治疗。
非血液学方面。二到三级：采用上面列举的特殊干预方法。如果治疗不敏感，采用如下四级的治疗方法。四级：停药，直到降到一级或者更好，然后将药量减少25-33%（不要少于300毫克），重新开始服用格列卫。考虑换成达沙替尼、尼洛替尼，或者参加临床试验。如果病人在进行QT间歇延长治疗，考虑让病人做心电图。非血液学方面——肝脏篇。二级：停药，直到等级小于等于一级。将药量减少25-33%（不要少于300毫克），重新开始服用格列卫。评估其他可能会增加肝脏毒副作用的损伤肝细胞的药物，包括扑热息痛。考虑换成达沙替尼、尼洛替尼，或者参加临床试验。三级或者四级：考虑换成达沙替尼、尼洛替尼，或者参加临床试验。
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